Le conseil de la MRC de Minganie est constitué de neuf élus.   Huit d’entre eux sont les maires des municipalités qui forment la MRC.   Entre eux, les maires élisent un préfet et nomme un préfet suppléant.   Afin de défendre les intérêts de la municipalité d’où provient le préfet, un conseiller de cette municipalité est ajouté à la table du conseil.